第三代试管婴儿不仅使不孕不育夫妇能有自己的孩子，而且能优生优育，帮助人类选择生育最健康的后代，为有遗传病的未来父母提供生育健康孩子的机会。其缺点也是体外受精技术共有的弊端，主要有以下几个方面：
⑴采用单精子卵胞浆注射技术，使精子失去了优胜劣汰竞争机会，可能将带微缺失的Y染色体遗传下去。容易造成流产死胎，先天畸形等缺陷。
⑵如果女性身体不具备孕育条件，比如内分泌紊乱，黄体功能不全，有过流产史。即使施行试管婴儿手术成功，也可能造成流产。
⑶可能出现伦理道德问题。地下精子库的不规范增加了人工授精的许多伦理问题。有些机构对精子没有严格把关，精子来源不明。无法保证胎儿质量。
⑷增加了多胎妊娠风险：多胎妊娠的孕妇并发症多，早产发生率及围生期死亡率高，属高危妊娠范围。所以医患双方都希望得到单胎，最多是双胎妊娠。
⑸成本效益高，即获得每一个后代的成本高：做一次试管助孕需要3～4万人民币，受孕率40%～50%。多次移植的话，受孕率能提高至70%左右，甚至更高。
⑹对女性生理的干扰较大。超刺激排卵使女性体内性激素水平远远高于生理水平，可能会对卵巢造成一定的损伤。部分患者可能出现卵巢过度刺激综合征：血液浓缩血容量减少、少尿、腹水、胸水、电解质紊乱、高凝状态、肝肾功能损害、血栓形成、成人呼吸窘迫综合征，甚至死亡。发生率为0.6﹪～14。
