入职体检的时候发现甲状腺肿大,这个一般不会影响入职的,但是根据您单位的情况,有的单位会有意见的。建议再查个甲状腺功能检查的,看看甲状腺激素是否增高的,若是有增高,考虑功能性甲状腺肿的,需要考虑行手术治疗的。