初发生殖器疱疹消退后,残存的病毒经周围神经沿神经轴转移至骶神经节而长期潜伏下来,当机体抵抗力降低或某些激发因素如发热、受凉、感染、月经、胃肠功能紊乱、创伤等作用下,可使潜伏的病毒激活,病毒下行至皮肤黏膜表面引起病损,导致复发。
临床上原发性的生殖器疱疹一般是原发皮损消退后皮疹反复发作,复发性生殖器疱疹较原发性全身症状及皮损轻,病程较短。起疹前局部有烧灼感,针刺感或感觉异常,外生殖器或肛门周围群簇小水疱,很快破溃形成糜烂或浅溃疡,自觉症状较轻,病程7~10天。