大部分儿童感染幽门螺旋杆菌后没有明显的症状。少部分可以发生:腹部不适、恶心、呕吐、嗳气、反酸、黑便等消化道症状。
不明原因缺铁性贫血、特发性血小板减少、过敏性紫癜、慢性荨麻疹、儿童生长发育迟缓等疾病可能与感染幽门螺旋杆菌有关。