生殖器疱疹好发于龟头、冠状沟、尿道口、阴茎、阴囊、大腿和臂部等处。生殖器疱疹后期炎症波及尿道、膀胱时,可出现排尿困难、尿痛、尿频、严重者可发生尿潴留等现象。
男性同性恋者可出现直肠疱疹病毒肛门直肠感染,其发病仅次于淋球菌引起的男性肛门直肠炎。