治疗胃肠炎最重要的是补充水和电解质.通常患者只需卧床休息并饮用足量的水分(如口服补液盐溶液)即可.即使是呕吐的患者也要尽量多饮水.哺乳期的婴儿应继续哺乳.碳酸饮料,茶,运动饮品,含咖啡因的饮料及果汁并不适于补液.如果呕吐或腹泻持续时间较长或有严重脱水,有必要进行静脉补液.呕吐剧烈时可加用止吐药.如果腹泻持续时间超过24~48小时并且没有迹象表明有更严重的细菌感染,可加用止泻药.通常儿童不建议使用止吐药和止泻药.由于抗生素可能会引起腹泻或促进耐药菌生长,即使胃肠炎的致病菌已经明确,抗生素通常也不建议使用.但是,某些病原菌(如弯曲杆菌,志贺菌,霍乱弧菌等)感染或患者有旅行者腹泻,可使用抗生素.对于病毒感染所致的胃肠炎,抗生素并无效果.寄生虫感染所致胃肠炎需使用抗寄生虫药物。