森林脑炎可能会出现瘫痪,体温恢复正常后症状逐渐消失,但瘫痪仍可继续存在。瘫痪以发生于颈部、肩胛肌和上肢肌肉为主,其次为偏瘫和下肢瘫痪,颅神经瘫痪不多见。
本病的瘫痪和乙脑不同,呈弛缓型,常发生于第2~5病日,发生在颈部或肩胛肌时出现本病特有的头部下垂症状。瘫痪一般经2~3周后逐渐恢复,约半数出现肌肉萎缩。
病理性反射常见,部分病例出现锥体外束征,如震颤、不自主运动等,偶有语言障碍、吞咽困难等延髓受累症状。