巧克力囊肿可以采用腹腔镜手术治疗治疗或药物治疗。腹腔镜手术治疗:在患者腹部打开3个小孔,恢复后,仅在腹腔部位留有几个线状疤痕,使患者的恢复期缩短;
药物治疗:抑制雌激素合成,使异位种植的子宫内膜萎缩,或切断下丘脑-垂体-卵巢轴的刺激和出血周期。