六神丸含有蟾酥、其有效成分为蟾毒素一旦滥用、有的一次过量即中毒、也有的多次过量而中毒中毒离服药时间、快则20分钟、慢则0.5-2小时、个别在12小时以上、故需严格控制适应症与剂量且对小儿慎用;新生儿禁用六神丸还有一种毒副作用、即引起过敏反应这与用量无关、而且不论内服、外用均会发生大都在24小时内、表现为药疹、瘙痒难忍也有的出现喉头水肿、表现为咽部充血、会厌肿胀、吞咽困难、咽喉梗塞、呼吸不畅等个别严重者会出现过敏性休克、表现为胸闷、心悸、呼吸急促、面色苍白、头晕昏睡、四肢湿冷等、需立即抢救此外、六神丸含麝香等成分、能引起子宫收缩、故孕妇禁用六神丸还含有雄黄、为砷的化合物、不宜与助消化药多酶片及胃蛋白酶合用、也不宜与抗贫血药富马铁片同服、更不宜与解痉止痛药阿托品等联用、否则会促使雄黄氧化、增加毒性反应