肝囊肿大多数为先天性,一般认为由于肝内胆管胚胎发育障碍所致,但是也有部分是脏器退行性病变所致。肝囊肿的大小不一,囊壁比较薄,内壁衬有上皮细胞,有分泌蛋白的功能。
少数囊肿是由于肝被膜下或者深部组织的创伤,比如肝脏手术、肝挫伤引起,这种囊肿称之为创伤性肝囊肿。