脑干脑炎病症的严重程度,差别很大,轻度脑炎的症状跟任何病毒感染相同:头痛、发热、体力衰弱、没有食欲。较严重的脑干脑炎症状,是脑的功能受到明显的影响,造成心烦气躁、不安及嗜睡,最严重的症状是臂部或腿部肌肉无力,双重视觉(复视)言及听觉困难,有些病例的嗜睡现象,会转变为昏迷不醒。
轻度的后遗症,不易被人察觉。