滴虫性阴道炎的危害主要是会令人难受及疼痛;可并发滴虫性尿道炎、膀胱炎、肾盂炎;由于滴虫能吞噬精子可引起不孕症影响生活质量;
阴道毛滴虫长期存在于阴道内消耗或吞噬阴道上皮细胞内的糖原阻碍乳酸生成不仅破坏阴道的弱酸性环境还有可能引起阴道细胞发育异常诱发癌前期。