对有生育要求的女性,症状较轻者,可采用采用药物治疗,并定期随访检查。对40岁以上,年龄较大且无生育要求的妇女,可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
若症状较重,经药物治疗效果不明显,或卵巢有较大包块的,就采用手术治疗,传统手术是采用卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术,内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术,以保留正常卵巢和生育功能。