目前医学对桥本氏疾病的发病机理研究不明确,经常发现同一家族的几代人发生此病,因此医学界认为此病的发病与基因有关系。
自身抗体的产生常与染色体的显性遗传有关系。比较常见的就是感染和膳食中毒两种环境因素,研究患病者的血清中细菌的抗Yersinia细菌比较高,尤其是小肠和结肠感染与此病有着一定的关系。