月经期脱落的子宫内膜碎片,随经血逆流经输卵管进入盆腔,种植在卵巢表面或盆腔其他部位,形成异位囊肿,这种异位的子宫内膜也受性激素的影响,随同月经周期反复脱落出血,如病变发生在卵巢上,每次月经期局部都有出血,使卵巢增大,形成内含陈旧性积血的囊肿,这种陈旧性血呈褐色,粘稠如糊状,似巧克力,故又称“巧克力囊肿。
常见的原因有经血逆流、医源性种植、淋巴传播和血管播散等。此外还有免疫学说。