肠镜比胃镜的痛苦要小。胃镜需要经过咽喉部,肠镜需要经过肛门括约肌及结肠之间的几个弯曲,都有痛苦的过程,而且这两者检查的也不是同一个部位,不过目前有些医院开展了无痛胃肠镜检查项目,可以通过局部麻醉等手段,缓解患者的痛苦。