药物治疗包括:假孕疗法,假绝经疗法等,但只缓解症状控制发展,停药后即复发,故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗,手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术,有生育要求的年轻病人,可行囊肿剥离术加卵巢成形术,不需要生育的行半保守手术,即全子宫切除加患侧附件切除术。