很多医学人士都认为本病是自身免疫性疾病,和自身的免疫反应有关。这是因为很多病患会并发自身免疫性溶血性贫血等自身免疫病,在有些病患的血清中抗结肠上皮细胞抗体也能够被查到。
还有人认为本病的病因之一是感染,这是因为结肠炎的病理变化以及临床表现和细菌性痢疾等结肠感染性疾病很相像。目前的研究发现,在细菌、真菌和病毒这些因素中,病毒的可能性很大。