巧克力囊肿的病因是由于子宫内膜异位症引起的。子宫内膜异位到了卵巢上面,卵巢上面的子宫内膜会增生、脱落、出血,每个月周而复始,但是卵巢没有通向外界的出口,产生内膜异位的出血不能排出体外,会越积越多,从而形成卵巢巧克力囊肿。