慢性胃窦炎疼痛发作时可用解痉剂;胃酸增高可用PPI质子泵抑制剂;症状较轻者可用H2受体阻滞剂;伴有消化不良者可加用消化药;
胃黏膜活检发现幽门螺杆菌者加服抗生素治疗;胆汁反流明显者可用增强胃窦部蠕动,减少胆汁反流。