慢性肠炎的原因有以下几种:慢性肠道细菌感染性疾病:如慢性细菌性痢疾、溃疡型肠结核、沙门氏菌感染、肠道菌群失调。肠寄生虫病:如慢性阿米巴痢疾、慢性血吸虫病、肠鞭毛虫病、结肠小袋纤毛虫病、肠道蠕虫病等。
非细菌性炎症:如克隆氏病、慢性非特异性溃疡性肠炎、结肠憩室炎、结肠息肉并发结肠炎等。内分泌、代谢障碍疾病:甲状腺功能亢进,慢性肾上腺皮质功能减退症,垂体前叶功能减退症,糖尿病。