隐睾症最早期的产后组织学异常是在出生后第1个月即可观察到的间质细胞发育不良。其在将来易发生恶变及扭转,绝大部分睾丸都丧失了生育能力。
隐睾可能有睾丸引带、提睾肌附着异常或睾丸鞘膜的附着异常,易于发生睾丸扭转。