男性非淋菌性尿道炎常发病于包皮、龟头、冠状沟和阴茎等处,偶见于尿道口,同时可并发尿道炎、膀胱炎和前列腺炎。女性则为外阴、大小阴唇、阴蒂、阴道、宫颈,也可发生于肛门、直肠及尿道,大多数病人还可并发双侧腹股沟淋巴结肿大。