巧克力囊肿的临床表现是进行性加重的痛经,可以在经前,经期,或经后出现,还有月经紊乱,由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用,造成卵巢不排卵,分泌雌激素的水平也下降,从而导致月经紊乱,或者不孕不育,腹痛,主要与囊肿破裂后出现,此外,巧克力囊肿还有可能发生恶变,巧克力囊肿大小不同,恶变率就不同。