肛瘘与元素缺乏无关。肛瘘的发生与男性皮脂腺分泌旺盛有关,还有就是其他特异感染和克隆病、溃疡性结肠炎、恶性肿瘤以及肛管。
中医则认为肛瘘是由于血气不痛,毒素蕴结不散、疮口不和长期成漏引起血肉成脓。肛瘘大部分是由于出肛窦受到感染引起肛门脓肿导致的,为化脓性感染,结核性感染比较少见。