男性生殖器疱疹好发于男性的龟头、冠状沟、尿道口、阴茎、阴囊。潜伏期有2-20天,男性同性恋者可出现直肠Ⅱ型疱疹病毒肛门直肠感染、其发病仅次于淋球菌引起的男性肛门直肠炎,表现为肛门直肠疼痛严重、便秘、排脓和里急后重、肛门可有疱和溃疡。