病因包括外伤、精索静脉曲张、急性附睾炎、慢性附睾炎、睾丸扭转、输精管切除术后以及腹股沟疝修补术后。需着重强调,输精管结扎后也可能引起长期睾丸慢性疼痛。
慢性非细菌性前列腺炎也可能引起睾丸慢性疼痛,又称为慢性骨盆疼痛综合征。