肛门疣最明显的症状是在其发病部位起针尖或粟粒大小淡红色或呈皮肤粘膜色的丘疹。也可是多个同时或先后发生称多发性,随后损害逐渐向皮肤或粘膜外生长,并逐渐增大、增多,有些损害可相互融合,形成各种大小形状不同的赘生物或肿物。