中医药治疗胃肠神经官能症首先需要根据全身的状况辨清寒热虚实、然后才选择药物的治疗。若脾胃虚弱、食少、大便不调、腹痛间断发作,伴有心胸烦热、口干、呕吐、腹中冷、舌苔黄白相兼者,常因中阳不足、寒热错杂、气机升降失序所致,治则当温补中阳,散寒清热、宣通气机为主,若胃肠道功能紊乱日久,时常腹痛,心悸,汗出,手足烦热,咽干口燥者,常因中阳不足,气血亏虚,阴阳失和,宜补益中气、调和阴阳为主。