对先天性肛门闭锁的治疗,均以手术为主。若中间位无肛可行骶会阴肛门成形术。若低位型合并直肠舟状窝瘘、直肠皮肤瘘、肛门狭窄和瘘管较粗着可先行扩肛,扩张器逐渐加大以保证正常排便,待6-12个月后根据情况决定采取肛门移位或成形术。
在手术后也一定要注意护理,在手术后如果护理不当的话很容易出现感染的。