导致巧克力囊肿的病因是子宫内膜异位,而子宫内膜异位的发生目前还不是特别明确,主要有三种学说:种植学说,化生学说和上皮由来学说,其中种植学说是比较受肯定的,种植的途径主要有经血逆流、医源性种植、淋巴传播和血管播散等。