尚未完全阐明,一般认为和病毒感染有关。证据有:发病前常有上呼吸道感染史,发病常随季节变动、且具有一定的流行性。血中有病毒抗体存在(抗体的效价高度和病期相一致),最常见的是柯萨奇病毒抗体,其次是腺病毒抗体、流感病毒抗体、腮腺炎病毒抗体等。
虽然已有报告,从亚急性甲状腺炎病人的甲状腺组织中分离出腮腺炎病毒,但亚急性甲状腺炎的原因是病毒的确实证据尚未找到。