内分泌因素引起的巧克力囊肿是最常见的原因,主要是因为卵巢囊肿。卵巢是产生卵子并排卵和内分泌激素以及平衡内分泌的重要生殖器官。
克力囊肿还有可能是性生活不节制引起的。这一疾病大多和体内雌激素分泌过高有着密切的关系,主要在青春期少女以及更年期的女性身上发病。