小儿感染性腹泻主要的治疗以针对病原体的抗菌治疗最为理想。使用药物对于细菌性痢疾以及沙门菌和产毒性大肠杆菌的感染有效。
甲硝唑对于溶组织内阿米巴、梨形鞭毛虫感染有效这几种药物常用于治疗急性感染性腹泻包括预防和治疗旅行者的腹泻。同时可以给孩子口服双黄连或者藿香正气液对于感染性腹泻效果也比较好。
如果腹泻次数比较多要根据医生的指导服药。