对于肛瘘的原因,绝大多数肛瘘是由于第一次肛周脓肿,肛周脓肿成熟,自行破裂或手术切开引流,形成一个外口,于外口的快速生长,脓肿往往是假性愈合,导致脓肿反复破裂或手术切开,形成多个瘘和外口,使简单的肛瘘成为复杂的肛瘘。
此外,肛瘘也可由特定的肠道炎症引起,如结肠炎、克罗恩病、恶性肿瘤、肛管外伤感染等,但较少见。