主要有胚胎抗原、糖类抗原、天然自身抗原、细胞角蛋白、肿瘤相关的酶、激素以及某些癌基因等;也可以用FCM或RT-PCR来检测。
用RT-PCR方法检测外周血中的肿瘤细胞的主要标记基因有细胞角蛋白19(CK19mRNA)和20(CK20mRNA)用于上皮性恶性肿瘤;
癌胚抗原(CEAmRNA)用于结直肠癌、胃癌、胰腺癌、乳腺癌等CEA分泌性肿瘤;每个医院没有一个统一收费标准。