卵巢发育不全的原因一般都是先天性的。先天性卵巢发育不全症是由于性染色体异常引起的,由于亲代生殖细胞在减数分裂过程中或早期合子分裂期性染色体不分裂、合子卵裂中姐妹染色单体不分裂或染色体在有丝分裂中部分缺失(嵌合体)所致,故临床上可见多种染色体核型:单体型、嵌合型及结构变异型。