影响阴茎短小的原因有:雄激素不足。促性腺激素低下性的睾丸发育不良或垂体发育不良、睾丸萎缩、睾丸扭伤等。雄激素受体缺陷。
另外,如果包皮过长,缺乏生长空间,也可能阻碍阴茎的发育生长。身高、体重不同,阴茎大小也是不一样的。