巧克力囊肿复发可采取药物治疗或手术治疗。如囊肿不大症状轻微可予药物保守治疗,若症状较重,经药物治疗效果不明显,或卵巢有较大包块的,可以采用保守性手术,如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术,内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术。