可以引起播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症。在艾滋病流行的地区,该病还可增加艾滋病病毒感染的危险性。
另外,生殖器疱疹常与其他性传播疾病如淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖锐湿疣等混合感染。