大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起,因此内口多在齿状线上肛窦处,脓肿自行破溃或切开引流处形成外口,位于肛周皮肤上。
流脓是肛瘘的主要症状,脓液多少与瘘管长短、多少有关,新生瘘管流脓较多,分泌物刺激皮肤而瘙痒不适,当外口阻塞或假性愈合,瘘管内脓液积存,局部肿胀疼痛,甚至发热,以后封闭的瘘口破溃,症状方始消失。