黄体功能不全其确切原因尚不清楚。可能与垂体分泌的黄体生成素、促卵泡素不足或垂体催乳素分泌过多、过少有关;有的是由于卵泡本身不成熟,对促性腺激素不敏感;
有的是黄体本身合成孕激素能力不足,或者与雌孕激素之间的比例不协调等因素有关。