肛瘘根据瘘管的数量可分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘。单纯性肛瘘只有一个瘘管,复杂性肛瘘有多个瘘口和瘘管。根据瘘管位置的高低可分为高位肛瘘和低位肛瘘,高位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以上,低位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以下。