低位型肛门闭锁症的病人,于手术后都能获得良好的大便自制力。高位型的病人,由于耻骨直肠肌本身的发育较差,因此手术后仍有部份的病人有大便之问题。
不论任何型态之肛门手术,病人于确定性手术后初期都需定期接受肛门扩张,以避免发生狭窄。