由于抗生素可能会引起腹泻或促进耐药菌生长,即使胃肠炎的致病菌已经明确,抗生素通常也不建议使用。但是,某些病原菌(如弯曲杆菌、志贺菌、霍乱弧菌等)感染或患者有旅行者腹泻,可使用抗生素。
对于病毒感染所致的胃肠炎,抗生素并无效果。寄生虫感染所致胃肠炎需使用抗寄生虫药物。