最常见的感染来自龋病、牙髓病,其次是牙周病通过根尖孔、侧副根管及牙本质小管而继发,血源性感染比较少见。根尖周病感染的主要致病菌是以根尖微生物混合感染的结果,其中牙龈卟啉单胞菌是主要病源菌。
细菌及细菌代谢产物如内毒素通过病理免疫反应,引起根尖周炎。