胎性横纹肌肉瘤的病因可能是散发性或遗传性突变、见下述.其发病一般可用Knudson-Strong二次打击学说解释、理论上可以有杂合性丢失、基因甲基化异常和DNA突变机制.由横纹肌瘤恶变为横纹肌肉瘤的病例非常罕见.尚未发现人类横纹肌肉瘤的致癌因素、但以小鼠和斑马鱼为试验对象的研究中已发现致癌因素。