直肠炎可以是不明原因(如溃疡性直肠炎和克罗恩病),或者是由性传播疾病[如淋病;梅毒,常是继发的;衣原体结膜炎;单纯性疱疹或巨细胞病毒(CMU)]或由其他感染(如弯曲菌,志贺菌,沙门菌)引起;
这可与先前的抗生素应用有关.直肠炎的其他原因包括放射性治疗,结肠造口术或回肠造口术的改道,但患者仍保留完整的直肠.性传播所致的直肠炎在男性同性恋者更常见