大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成.脓肿逐渐缩小,但肠内容物仍不断进入脓腔,在愈合缩小的过程中,常形成迂曲的腔道,引流不畅不易愈合,日久后腔道周围有许多疤痕组织,形成慢性感染性管道.行走在内外括约肌附近,外口皮肤生长较快,常有假性愈性,引起反复发作.管道的感染多数为脓性感染,少数为结核性。