脑炎后遗症、多数是可以恢复的、可预后还和病毒的分类有关系:病毒性脑炎的预后与病变的范围和病情的轻重有关.脑部病变较局限且未侵犯生命中枢、病情较轻时、其预后往往良好.如昏迷持续时间较长、或有频繁惊厥时、脑部缺氧及病理变化加重、预后多较差、容易留有神经、精神的后遗症.某些病毒所致的脑炎预后较差、如西方马脑炎患儿常有后遗症、年龄愈小愈严重.5岁以下的东方马脑炎患儿多有后遗症、表现为精神迟钝、抽搐及瘫痪.麻疹脑炎和亚急性硬化性全脑炎患者的病死率均较高、单纯疱疹病毒脑炎患儿的病死率可达30%以上、约半数的存活者中有后遗症.胎儿经胎盘感染单纯疱疹病毒后可发生小脑畸形、积水性无脑畸形.巨细胞包涵体病毒和风疹病毒的先天性感染侵犯多种脏器、当侵犯脑组积时、其预后都比后天性脑炎为差.先天性巨细胞包涵体病毒所致的中枢神经系统感染、可引起大脑性瘫痪、小脑畸形、智力迟钝、运动障碍、偶见脑积水.先天性风疹脑炎患儿可发生小脑畸形、耳聋、甚至进行性精神及运动障碍.狂犬病毒脑炎的病死率最高、几乎为100%.淋巴细胞性脉络丛脑膜炎、传染性单核细胞增多症并发脑炎、埃可病毒脑炎、柯萨奇病毒脑炎、腮腺炎病毒脑炎患者的预后多较好、大多数患者能逐渐痊愈.某些埃可病毒脑炎及柯萨奇病毒脑炎患儿可出现肢体瘫痪、但很少留下后遗症、极少数腮腺炎脑炎患儿可有偏瘫.